关于备案，《商标法》第40条规定，商标许可使用合同应当报商标局备案。《商标法实施条例》第43条规定，许可他人使用其注册商标的，许可人应当自商标许可使用合同签订之日起3个月内将合同副本报送商标局备案。办理备案手续的程序是：在合同签订后3个月内，当事人备好商标许可使用合同副本和许可合同备案表各3份，送交许可人和被许可人所在地县级工商行政管理机关各1份存查，另1份由许可人所在地工商行政管理部门报送商标局备案。超过3个月期限的，商标局不予备案。合同经审核符合商标法规定的，商标局予以备案并公告，不符合规定的不予备案。
要正确认识备案的法律效力。备案并不是许可合同的生效条件，除非当事人特别约定了备案时生效，合同一般从订立之日生效，和普通合同一致。《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条规定，商标许可使用合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。据此，合同生效时间早于备案时间，一方当事人不能以未备案为由主张合同未生效而不履行合同义务。
同时，上述条文第2款又规定，商标许可使用合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。据此，备案是许可合同的对抗条件，只有经备案的合同才能对抗第三人，即要求第三人尊重自己的使用权。因为被许可人的使用权是基于他与许可人双方间的许可合同取得的，只是一种债权，只有相对的效力，即只能对许可人主张，第三人不是合同当事人，不受该相对性合同的约束，对此权利无从知道也无义务尊重。如欲让第三人尊重，必先让其知晓，把权利以一定方式公示出来昭告天下。备案正是起这样的公示作用。通过备案，任何人可在商标公告上查知许可人对某一商标有某种使用权而受其约束。相反，如不及时备案，不利于被许可人保护自己的权利。
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