1.在客观方面，审查工作的主要内容之一，是判断申请商标是否与他人在先注册或者在先申请的商标（以下简称在先商标）相冲突，即申请商标是否与在先商标构成在同一种或者类似商品上的相同或近似商标。商标相同或近似的情况极其复杂，尽管审查程序的设计尽可能全面地考虑了商标相同或近似的类型，但显然无法穷尽。例如，对于字形相近的文字商标，现有的审查程序很难检索出来。
2.在主观方面，由于审查员在专业范围、知识面及工作经验等方面存在着个体差异，审查工作会受到主观因素的影响。对相同类型的个案。不同的审查员可能会得出截然相反的判断结果。
3.商标局实质审查工作只根据商标注册申请人提供的材料来进行，一般只能就申请商标是否违反禁用条款、是否与在先商标相冲突作出判断。
至于那些申请注册商标损害除在先商标权以外的其他在先权利以及以不正当手段抢先申请注册他人已经使用并有一定影响的商标的，难以通过实质审查工作来解决。同时对于法律的理解与适用以及审查准则的实施存在仁者见仁、智者见智的状况，在先商标权人也可能认为初步审定的商标侵犯了其权利。通过异议程序，在先权利人以及在先商标使用人可以陈述自己反对被异议商标获准注册的事实与理由，阻止存在瑕疵的商标被核准注册，来维护自己的合法权益。另一方面，法律也赋予了被异议人进行答辩的权利，被异议人通过答辩也可以针对异议理由进行反驳并提供相应的证据材料，尽可能让自己申请的商标获准注册。
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