1.调解不伤“面子”
有些侵犯商标权行为的发生，行为人是非故意的。或者说在侵犯商标权纠纷中，过失侵权比较普遍，比如因商标近似构成了侵权、外观设计相近似构成了侵权，都可能是由于过失引起的。对此，从保护权利人的角度出发，对侵权行为应予禁止，但对侵权人而言，有时显得不太公正。如果一味强调判决停止侵权，赔偿由于侵权所造成的损失，当事人有时就很难接受。如果经过庭审,被告人知道自己的行为违反了法律的规定之后，在法庭的主持下，双方同意调解结案，或者订立许可合同，向权利人支付费用，或者主动停止侵权行为。这样既保护了权利人的合法权益，也不伤侵权行为人的“面子”。
2.调解使商业秘密不致二次泄露
在商标权纠纷案件中，有不少纠纷涉及当事人的技术秘密或者经营信息,这些案件，经过公开开庭、证据交换、技术鉴定以及当庭质证等审判活动，二次泄密的情况时有发生。对于这种情况，无论原告还是被告都有担忧。而通过及时调解结案，可以免去当事人这种忧虑。比如，前些年发生的美国通用汽车公司与德国大众公司由于高级管理人员跳槽引发的侵犯商业秘密案，经过多年诉讼后，最终也是以当事人双方和解结案的。
3.调解可以尽快结案，符合市场经济的效率原则
当事人诉讼的目的是为了解决纠纷，在平等的竞争环境下生存发展。因此，商标权纠纷案件的久拖不决，从时间上给当事人造成的损失是难以估量的。一个新的具有商标权权利的产品上市，一旦遇到侵权，官司一打几年，官司打赢了，市场却失去了。对权利人而言，这种官司赢得毫无意义。当事人若通过调解解决纠纷，可以迅速化解矛盾，免除讼累，集中精力在市场上进行新的发展。
4.调解有利于执行
法院判决得不到有效执行，已成为严肃执法的一大难题。商标权纠纷案件中，在当事人思想不通的情况下，最难执行的判决内容就是停止侵权、赔偿损失和赔礼道歉。而纠纷一旦通过调解解决，执行这些属于判决主文的内容就基本不是难题了。有的侵权人在调解过程中就主动向对方赔礼道歉，主动停止侵权行为或者支付应付的费用，避免了强行判决后，又重新进行艰难漫长的执行程序。
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