公证证据在商标诉讼中的应用广泛而频繁，从权利存在及其存在状态到侵权人，侵权行为状态、侵权损害程度，从商标权保护到其他权益的保护，都能以公证证据来证明。尤其在商标权侵权诉讼的司法实践中，相当部分的案件审理中都有公证书的身影，胜诉的案件更是如此。
商标权侵权诉讼中公证取证主要用以确定被控侵权人和被控侵权物，一般的程度是：对原告以普通消费者身份购买被控侵权产品的过程进行公证，同时对所购产品进行证据保全。在网络侵权案件中则一般是对进入涉嫌侵权页面的路径、过程以及该页面涉及侵权的全部内容进行的证据保全公证。上述取证方式能直接反映被控侵权物的全面状况以及与被控侵权人（包括生产者和销售者）之间的联系，据此，原告拥有了被告涉嫌侵权的初步证据，可以在起诉的同时申请法院对被告的财务资料、产品等进行证据保全，以进一步查明被告所涉侵权数量和利润等。因此公证取证往往是诉讼的先行步骤。
例如浙江省温州市中级人民法院民事判决书（2001）温经初字第481号，原告报喜鸟集团有限公司、浙江报喜鸟服饰股份有限公司诉乐清市大东方制衣有限公司、香港报喜鸟股份有限公司不正当竞争纠纷案中，原告对部分证据采取了公证取证的方式，向法院提供的第四组证据即：①内蒙古鄂尔多斯市东胜区公证处公证书两份、鄂尔多斯市购物中心有限责任公司2002年6月19日销售发票一张、中邮专送广告鄂尔多斯版；②云南省昆明市公证处公证书三份；③河南省安阳市公证处公证书一份、安阳市2002年6月7日商业发票一张、德派西服一套。
再如北京市高级人民法院审理的（香港）永安药业公司（被上诉人、原审原告）诉吉林省长春市人民制药厂侵犯商标专用权纠纷案。一审判决后，长春制药厂不服，向二审法院提起上诉，理由是：北京市公证处及南宁市公证处所作的公证书只能证明“中国猛男”药品的购买过程，而不能证明该药品的生产者一定是长春制药厂。北京峰原药品公司销售的“中国猛男”药品是从北京同仁堂集团北城批发部购得，而北京同仁堂集团北城批发部是否从长春制药厂进货，未能得到证明。一审法院在未查明事实的情况下就认定长春制药厂侵权有失公证。
二审法院认为：
长春制药厂否认北京市公证处及南宁市公证处公证购买的“中国猛男”药品是其生产的，但长春制药厂并未提出任何能推翻该公证的有效证据。经过法院查证，北京同仁堂集团北城批发部批售的“中国猛男”药品，确是从长春制药厂进货。长春制药厂生产的“中国猛男”药品的包装装潢与公证购买的“中国猛男”药品的包装装潢完全相同。长春制药厂在永安药业公司注册商标后仍有生产和销售“中国猛男”药品的行为。因此，公证证明有效，长春制药厂侵权行为成立，其所提异议没有事实依据，法院不予支持。
采取公证取证方式要注意以下两个问题。首先是取证的合法性。北大方正诉北京高术计算机软件侵权案件引起了人们对“陷阱取证”的思考。该案中由于权利人主动要求对方安装盗版软件，在法院对对方财务资料的保全中又没有找到确凿的侵权证据，原告的取证方式被二审法院认定为非法，虽然公证书效力未被否定，但对被公证的行为作出了否定评价，也就否定了公证取证的合法性。该案件的审理告诉我们，权利人主张自己权利时应以对他人权益的尊重作为一定的界限，公证取证的法律效力取决于公证的内容、行为的合法性，合法取证是维权的前提。
其次是公证内容的完整性。公证取证只是一种证据收集的方式，所收集的证据的完整性仍需要权利人自己把握。在一被告将原告享有著作权的数部作品上载到被告网上进行营业性使用的著作权侵权纠纷中，原告诉前也申请了公证，但考虑到作品的内容庞大，仅证明了进入作品目录页面的路径和目录本身的内容。案件审理中，原告主张侵权的量是涉讼作品的全部内容，被告则声称仅是每部作品的前17页内容，几乎是天壤之别。而此时，被告网页上的佞权内容早已经删除，无从再现侵权状态，原告补充举证变得非常困难。事实上如果公证时以适当的方式将被告网站涉嫌侵权的作品内容全部显示并予以保全,这种被动完全可以避免。因而公证取证充分考虑待证事实的方方面面是完全必要的”。
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